Isolasi dan Penentuan Konsentrasi DNA

Asam deoksiribonukleat (DNA) merupakan suatu polimer dari nukleotida.  Komponen penyusun nukleotida terdiri dari basa nitrogen, gula dan posfat.  Basa nitrogen yang menyusun DNA ada empat, yaitu adenin, guanine, sitosin dan timin.  Adenin dan guanin adalah basa purin sedangkan sitosin dan timin merupakan basa pirimidin.  Nukleosida merupakan basa nitrogen yang terikat secara kovalen kepada gula.  Gula ribosa yang menyusun DNA merupakan gula deoksiribosa.

Maka, nukleosida pada DNA terdiri dari empat macam, yaitu, deoksiadenin, deoksiguanosin, deoksitimidin dan deoksisitidin. Penelitian keragaman genetik tanaman buah merupakan salah satu kegiatan penting untuk mendukung pemuliaan tanaman. Perbedaan tanaman dapat dideteksi melalui beberapa penanda, antara lain dengan pola pita DNA (Lamadji 1998).

yang sering disebut sebagai penanda molekuler. Penanda molekuler berperan penting dalam konservasi dan pengelolaan sumber daya genetik tanaman. Dalam DNA, nukleotidanya terhubung satu sama lain secara kovalen melalui ikatan 3’5’ posfodiester yang membentuk rantai pengulangan gula-posfat yang menjadi rangka tempat terikatnya basa nitrogen.  Urutan DNA adalah urutan A, C, G dan T di sepanjang molekul DNA yang membawa informasi genetik.  Pada DNA double helix, kedua rantai DNA terikat melingkar satu sama lain.

dengan basa di bagian dalam dan rangka gula-posfat di bagian luar.  Kedua rantai DNA terikat satu sama lain melalui ikatan hidrogen yang terjadi melalui pasangan basanya : adenin dengan guanin dan timin dengan sitosin. (B.D Hames dan N.M Hooper. 2000).

DNA merupakan untai ganda berbentuk heliks yang kedua untainya mempunyai urutan nukleotida yang komplemen dan terikat oleh ikatan hydrogen. DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama, yaitu gugus fosfat, gula deoksiribosa, dan basa nitrogen. Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari ketiga komponen tersebut dinamakan nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagai polinukleotida.

Di dalam sel, DNA bertindak sebagai penyimpan informasi gentik yang tersimpan sebagai genom (total informasi genetic) dalam sel. Secara nyata DNA mengisi inti sel yang penyimapanannya sangat terorganisasi dalam bentuk kromosom dan kromatid. DNA tidak hanya terdapat pada eukariot, tetapi juga terdapat dalam mitokondria dan kloroplastida. Pada eukariot, DNA di dalam kromosom merupakan molekul linear yang berlipa-lipat dan spesies yang berbeda maka akan mempunyai jumlah kromosom yang berbeda. Fungsi utama DNA adalah menyimpan dan mengorganisasikan informasi genetic total dengan baik. (Visca Mahu.2010.http://www.scribd.com/Isolasi DNA)

Isolasi DNA adalah prosedur yang umum untuk mengumpulkan DNA untuk analisis forensik atau pun analisis molekuler lanjutan. yang menyusun DNA ada empat, yaitu adenin, guanine, sitosin dan timin.  Terdapat tiga tahap dasar dan dua tahap opsional dalam ekstraksi DNA, yaitu : memecah dinding sel,

arginin dan lisin, yang disebut histon, berinteraksi secara ionik dengan anion dari gugus posfat dalam rangka DNA untuk membentuk nukleosom, struktur di mana DNA double helix terikat di sekitar pusat sebuah protein yang tersusun atas pasangan-pasangan dari empat polipeptida histon yang berbeda (Gambar 2).  Kromosom juga mengandung protein jenis lain, yang disebut protein kromosomal nonhiston. (R.H Garrett dan C.M Grisham. 2003).

            Pada dasarnya, sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA. DNA terletak pada kromosom, dijumpai di nukleus, mitokondria dan kloroplas. Sedangkan RNA dijumpai di nukleus, sitoplasma, dan ribosom. Pada dasarnya isolasi DNA dapat dilakukan dari berbagai sumber, antara lain organ manusia, darah, daun, daging buah, serangga, kalus, akar batang, daging dan sisik ikan.

DNA yang diperoleh memiliki jenis jumlah dan ukuran yang sama. DNA yang diisolasi dari tanaman seringkali terkontaminasi oleh polisakarida dan metabolit sekunder seperti tanin, pigmen, alkaloid dan flavonoid. Sedangkan DNA dari hewan lebih banyak mengandung protein. Salah satu kesulitan isolasi DNA dari tanaman tinggi adalah proses destruksi dinding sel untuk melepaskan isi sel. Hal ini disebabkan karena tanaman memiliki dinding sel yang kuat dan seringkali pada beberapa jenis tanaman, kontaminasi tersebut sulit dipisahkan dari ekstrak asam nukleat. Kehadiran kontaminasi di atas dapat menghambat aktivitas enzim, misalnya DNA tidak sensitif oleh enzim restriksi dan menggangu proses amplifikasi DNA dengan PCR.

(Diah Kusumawati.2010.Isolasi DNA skala kecil.http://www.file.upi.edu/jur_pend   isolasi dna).